El observatorio conlleva la creación de una red entre universidades y organismos de investigación sectorial de Andalucía y Marruecos para promover el estudio y la investigación en el ámbito pesquero y acuícola, como punto de encuentro para los especialistas y expertos andaluces y marroquíes en pesquerías y acuicultura y como base de partida para potenciar la investigación, el desarrollo tecnológico y la formación especializada en el estudio de los recursos pesqueros y las técnicas de acuicultura.

Se pretende la puesta en marcha a ambos lados del Estrecho de una red interdisciplinar para favorecer sinergias en materia de investigación y desarrollo tecnológico en las materias citadas, por medio de la organización de encuentros y seminarios, promover el intercambio de conocimientos, experiencias, el desarrollo de proyectos interdisciplinares y la realización de estudios conjuntos para permitir un mejor conocimiento de los recursos pesqueros y acuícolas, y así favorecer su conservación y gestión, el desarrollo de un sistema de información pesquera y medioambiental del medio marino, para facilitar el acceso a esta información mediante la utilización de las nuevas tecnologías.

A la vez se pretende crear un espacio para que investigadores, profesores, administradores y empresarios puedan intercambiar experiencias, con la promoción de un foro para mejorar la eficacia de una cooperación científica y técnica interregional, como vía para la apertura de relaciones de cooperación científica y técnica en materia de pesca y acuicultura entre Andalucía y Marruecos.